Die Zoologische Sammlung schliesst sämtliche Stämme des Tierreiches ein mit Ausnahme der Klasse der Insekten aus dem Stamm der Gliederfüsser. Vertreten sind die Wirbeltiere (Säugetiere, Vögel, Fische, Reptilien, Amphibien), Weichtiere (Schnecken und Muscheln), Gliederfüsser (Krebse) sowie unter anderem Würmer, Schwämme und Stachelhäuter. Schwerpunkte bilden Präparate von Wirbeltieren und von Weichtieren. In erster Linie sind einheimische, mitteleuropäische Tierarten vertreten.
Hauptsächlich aus der Gründerzeit des Museums stammen jedoch auch Präparate aussereuropäischer Tierarten wie z.B. eine bemerkenswerte Zahl von Beuteltieren oder eine Vogelsammlung aus Grönland. Die ältesten zoologischen Präparate wurden im 19. Jahrhundert angefertigt, als diese Darstellungsform an Beliebtheit gewann.