Fossilien
Die Fossilien-Sammlung hat ihren Schwerpunkt in der Region Zentralschweiz, aufgeteilt in die Bereiche Paläozoologie und Paläobotanik.
Verschiedene historische Fossilfunde namhafter Naturforscher bilden das Herzstück der Fossilien-Sammlung. Die Belegstücke des zeitlebens schweizweit bekannten Luzerner Geologen Franz Josef Kaufmann (1825-1892) und des früheren Luzerner Stadtarztes und Naturforschers Karl Nikolaus Lang (1670 - 1741) setzen den Schwerpunkt der Sammlung bei Funden aus der Zentralschweiz. Zusammen mit neueren Fossilfunden verfügt das Museum über eine bedeutende regionale Sammlung mit Objekten aus dem Quartär, der Molasse, dem Helvetikum, den Klippen-Decken und der Flyschzone.
Als historische Besonderheiten werden im Museum Luzern der sagenumwobene «Luzerner Drachenstein» und der «Riese von Reiden» aufbewahrt. Ersterer wurde schriftlich belegt im Jahr 1421 gefunden und wird bis heute mit einer Mischung aus Argwohn und Bewunderung betrachtet. Letzterer wurde 1577 gefunden und galt einst als Überrest eines 5,6 m grossen Menschen. Er ging später als erster Mammutfund in der Schweiz in die Geschichte ein.